英雄换人功能是游戏的核心机制之一。玩家可以通过组建战斗队伍自由切换已获得的伙伴角色，但需注意只有参战类伙伴可替代主角出战，其他类型伙伴仅能作为小队成员辅助。换人操作需在队伍配置界面完成，通过点击角色头像选择替换目标。这一设计为战斗策略提供了灵活性，例如利用不同忍者的技能组合应对复杂战局。
英雄换人的前提是玩家已通过任务、抽卡或活动获取对应角色。伙伴分为SS级、S级、A级和B级，品质越高基础属性越强。换人后，新上阵的伙伴会继承队伍共享的经验值，但未上阵的伙伴需通过消耗拉面道具单独升级。先锋、强袭、后勤、参战四类伙伴定位不同，参战类可直接替代主角操作，其余类型仅提供被动增益或协同攻击。
战斗中换人的策略性体现在技能衔接与属性克制上。例如远程职业风缭别天可切换为近战形态弥补短板，而流影之棘这类刺客角色可通过换人保留关键技能冷却时间。需部分高难度副本会限制换人次数或锁定首发阵容，玩家需提前调整配置。竞技场模式中，换人机制可能受段位规则影响，例如高段位对局会按筹码值限制忍者选择范围。
从系统设定来看，换人功能并非无限制使用。每次换人后存在短暂公共冷却时间，且部分终极技能会因换人中断蓄力。开发团队在访谈中该设计是为了平衡战斗节奏，避免频繁换人导致战斗体验碎片化。玩家可通过训练模式熟悉各角色连招，优化换人时机以提升输出效率。
火影忍者：巅峰对决的英雄换人机制兼顾自由度与策略深度，是区别于同类IP手游的重要特色。合理利用该功能需结合角色养成、阵容搭配及副本规则，建议玩家通过主线任务和竞技场实战逐步掌握操作细节。
