港口分配是基地发展的核心环节，直接影响资源采集效率与舰队作战能力。军事港口与资源港口的容量分配需根据当前发展阶段动态调整，初期应以资源采集为主，优先提升资源港口容量以满足工程舰数量需求，同时确保军事港口能容纳基础护卫舰编队。中期开始需逐步平衡两者比例，避免因过度侧重某类港口导致资源溢出或舰队规模受限。港口升级顺序应紧跟主线任务要求，同时预留部分动员令用于关键建筑的加速升级。
资源港口的管理需结合工程舰类型优化。小型工程舰占用容量较低但效率有限，中型工程舰虽占用更多容量但能开采高级资源带，因此升级大型工程舰船坞设备后应及时替换低级工程舰。每艘工程舰建议搭配仓储型舰船编队，减少往返基地频率，从而提升资源采集效率。军事港口的舰船停放需遵循主力优先原则，高战力舰船应优先占用港口容量，低效或过渡型舰船可考虑退役或暂存前哨站。
港口扩容依赖通用港口的等级提升，而通用港口的升级又需消耗大量金属与晶体资源。因此资源分配需形成闭环：优先将采集资源投入港口建设，再通过扩容提升采集与作战能力。金属与晶体的比例建议维持在3:1左右，重氢则根据舰队需求灵活调整。若资源紧张，可通过贸易工厂转换资源类型，但需注意转换过程中的损耗问题。
后期港口管理需引入前哨站分流机制。将部分工程舰部署在前哨站周边资源带，能有效减轻主基地港口压力。同时前哨站可作为军事舰队的临时补给点，但需注意其防御能力较弱的特点。港口分配方案并非一成不变，需根据同盟作战指令、资源带分布等情况实时调整，保持至少20%的冗余容量应对突发需求。定期清理闲置舰船与优化编队结构，是维持港口高效运转的关键措施。
